學校發端于陳嘉庚先生1918年以來在廈門集美學村創辦的系列專門學校。1994年10月，經原**教育委員會批準，原交通部所屬的集美航海學院、原農業部所屬的廈門水產學院、福建省所屬的福建體育學院、集美財經高等專科學校和廈門市所屬的集美師范高等專科學校等五所高等學校合并組建為集美大學。學校于1999年1月實現實質性合并。2004年，廈門市工業學校成建制并入集美大學。2013年7月，國務院學位委員會發文正式批準集美大學為博士學位授予單位，船舶與海洋工程、水產等2個學科為博士學位授權一級學科。2018年，集美大學入選福建省“雙**”建設高校。其中，該校入選高峰學科建設學科2個，高原學科建設學科4個。

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